儒家为生存而战斗，其他诸如道家、墨家、名家等诸子百家随之响应，反抗大潮迅即席卷关东。
六国潜匿余孽乘势而起，遭到秦人杀戮的神仙家方士也乘机散布谣言，更有图谋复国的六国流亡贵族和逃亡任侠在其中推波助澜，关东形势骤然紧张。
关东地方郡县的掾吏有的公开支持，有的默许和纵容，有的即便态度不明朗，但也想方设法保护自己的师长和同门，而地方郡县官长们不管从自身利益考虑还是从地方大局考虑，在咸阳没有做出明确指示之前，也以劝说和安抚为主，只有极少数地方官长态度强硬，打算以武力镇制的方式强行压制，然而，通风报信者众，不待有所动作，反抗的士人就逃逸而走。
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地方郡国纷纷上奏，以稳定地方为借口，有的恳请咸阳改变政策，平息事端，试图以此来赢得关东士人的好感，得到他们的支持；有的则恳请咸阳下诏镇制，以便乘机扩大地方权力，尤其是扩张地方镇戍力量，借机掠夺地方财富。
咸阳的文武百官在朝议上也是各执一词，有的坚持安抚，有的坚持镇压。
太子扶苏、右丞相隗状、驷车庶长公子腾等大臣以及关东博士集团从稳定国内局势出发，奏请始皇帝马上调整政策，不要让事态继续扩大，让形势失控；左丞相李斯、太尉蒙恬、护军中尉王贲等大臣则坚持武力镇压，以维护中央权威。
就在咸阳为此事争执不下的时候，从山东传来一个惊人消息，薛郡的学府被当地儒生纵火焚毁，学府内的教授和士子死伤惨重，闻讯赶去的薛郡太守在混乱之中被人刺杀而死。
薛郡的治府就在鲁城，也就是孔氏世家的所在地，孔鲋带着儒家子弟第一个举起了反抗文化统一的大旗，也第一个引发了流血冲突。
薛郡都尉愤怒之下，当即武力镇压，当场斩杀数名儒生，抓捕了数百名孔氏弟子，羁押了孔鲋。
这一举动彻底激怒了鲁城民众。当夜鲁城暴乱，暴民和背叛的掾吏里应外合，攻占了府署，杀死了薛郡都尉，占据了鲁城。
齐王公子骧和山东镇戍统率蒙信十万火急禀奏咸阳，请求发兵平叛。
始皇帝大怒，下令山东镇戍统率蒙信火速平叛。
始皇帝下诏山东各地，以强硬手段镇制关东士人，迫不得已的情况下，允许动用武力。
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鲁城的叛乱尚未平定，从洛阳、邯郸、大梁、临淄、陈、寿春等地陆续传来关东士人在激愤之下，与当地府署发生冲突的消息，而中原的颍川郡、山东的琅琊郡，淮南的九江郡，江东的丹阳和吴县都发生了官员被刺事件，一时间关东风起云涌，局势急剧恶化。
始皇帝紧急下诏，蓝田大营十万将士即刻集结，做好东进准备。
又下诏给北军东行辕官长章邯，集结军队，随时南下平定关东地区的暴乱，确保河北安全。
两淮、江南、江东三地的镇戍军和大江一线的水师进入战备状态。
始皇帝急召武烈王公子宝鼎，请他日夜兼程从陇西赶回咸阳。
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关东地方郡国的封王和太守联合京城权贵一起向始皇帝和中枢施压，要求给地方更多的权力，尤其在地方兵役的征发上给予更大的自主权，以便应对突发事件。
李斯等大臣则建议始皇帝，独尊法学，罢黜百家，禁止私学，焚毁儒家、道家等典籍，以极度强硬的手段统一中土文化。
关东博士集团极力抗争，太子和右丞相隗状等大臣也竭力劝谏始皇帝不要因小失大，以免葬送了当前的统一局面。
四月，蒙信奏报，鲁城叛乱平定，孔鲋带着一帮弟子逃亡沂山，薛郡的混乱局势正在恢复之中。
这个消息刚刚抵达咸阳，孔鲋的弟子叔孙通就逃离了咸阳，不知所踪。
随着博士叔孙通的逃亡，更多的博士开始以各种借口请辞归乡，追随他们的弟子门生也陆续离开咸阳重返关东。
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左丞李斯等法家大臣以各种手段打击关东博士集团，不遗余力地驱赶关东博士，同时利用他们控制的地方势力重创关东士人。
太子扶苏和右丞相隗状则联合地方势力保护关东士人，对始皇帝的镇压命令阳奉阴违，甚至拒绝执行。
就在始皇帝焦头烂额的时候，武烈王公子宝鼎终于回到了咸阳。
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